Die Topographie der Stadt ist durch ihre Lage an der Mündung des Adlerflusses in die Elbe bestimmt. In der Urzeit bot die Anhöhe zwischen den beiden Flüssen mit den zahlreichen Zuflüssen und Sümpfen den Einwohner einen natürlichen Schutz.
Im 10. Jhdt. gehörte die bereits als "Hradec" bezeichnete Burgstätte dem Fürstengeschlecht der Slavnik´s.
Noch vor dem Jahre 1225 unter Premysl Otakar I. wurde Hradec (als einer der ersten Orte in Böhmen und Mähren) zur Stadt erhoben. Die Stadt wuchs und entwickelte sich sehr schnell, es siedelten sich neue Handwerker, Kolonisten und Lohnarbeiter vom Lande an. Durch seine Ausdehnung, Einwohnerzahl und Bedeutung wurde Hradec schnell zur zweitreichsten und zweitgrössten Stadt Böhmens nach Prag.
Anfangs des 13. Jhdt. wurde die Stadt zur Mitgiftstadt der böhmischen Königinnen und erhielt das Attribut "Králové". Die königliche Gunst offenbarte sich in einer schnellen Weiterentwicklung. Am Anfang des 14. Jhdt. entstand die Backsteinkathedrale des Heiligen Geistes und der befestigte Stadtkern sowie die Vorstadt wurden im gotischen Stil umgebaut.
In den Jahren 1574 - 1580 erhielt die Stadt ihre markanteste Dominante - den Renaissancebau des Weissen Turmes mit der zweitgrössten Glocke Böhmens, der Glocke "Augustin".
Die Stadt erlebte jedoch auch schwere Zeiten. Im 15. und 16. Jhdt. ist sie dreimal abgebrannt. Am dem Ende des 30-jährigen Krieges war Hradec Králové eine entvölkerte halbverfallene Stadt.
Eine folgenschwere Bedeutung für die Weiterentwicklung der Stadt war der Beschluss, die Stadt in eine militärische Festung zu verwandeln. Das Stadt- und Umgebungsbild wurde durch den Bau der Festung in der 2. Hälfte des 18 Jhdt. vollkommen verändert. Die Festung hat die Entwicklung der Stadt für 100 Jahre unterbunden und die spätere bauliche Entwicklung auf gravierende Weise beeinflusst. Die Festung wurde im Jahre 1884 aufgelöst.
Im ersten Drittel des 19. Jhdt wurde Hradec Králové zum Brennpunkt der patriotischen Aktivitäten in Nordostböhmen und für eine gewisse Zeit zum bedeutendsten Zentrum des gesamten tschechischen Literaturlebens. Um die Wende des 19. und 20. Jhdt. befreite sich die Stadt allmählich aus den Fesseln der Festungsmauern und begann einen planmässigen Aufbau, welcher von Anfang an berühmten Architekten anvertraut wurde. Im Rahmen der neuen urbanistischen Konzeption erbaute Prof. Arch Jan Kotìra in den Jahren 1909 - 1912 das Jugendstilgebäude des städtischen Museums und sein Schüler Josef Goèár bereicherte die Stadt um eine Reihe weiterer Bauwerke. In der Mitte der zwanziger Jahre wurde Josef Goèár mit der Ausarbeitung eines Entwicklungsplans der Stadt beauftragt. Seit dieser Zeit ist sein Name dauernd mit der Entwicklung der Stadt verbunden. Zum Höhepunkt der modernen Architektur von Hradec Králové zählen die zwanziger und dreissiger Jahre, seit denen die Stadt als "Salon der Republik" bezeichnet wird.
Der historische Kern der Stadt gehört zu den bedeutendsten mittelalterlichen urbanistischen Komplexen der Tschechischen Republik.